Phúc âm Gioan bắt đầu tại Chương 1, Câu 1 và kết thúc nguyên thủy tại Chương 20, Câu 30-31. Đa số các nhà chú giải cho rằng chương 21 được thêm vào sau.[32][33] Các học giả thường chia Phúc âm Gioan thành bốn phần: lời tựa (1, 1–18); cuộc đời và sứ vụ của Chúa Giêsu thường gọi là "sách các dấu lạ" (1, 19–12, 50)[34]; bữa ăn tối cuối cùng của Chúa Giêsu và các môn đệ, các diễn từ cáo biệt, cuộc khổ nạn và sự phục sinh của Chúa Giêsu (13, 1–20, 31) thường gọi là "sách vinh quang"; và kết luận nguyên thủy của sách Phúc âm (20, 30–31).[33][35][36]

• Phần lời tựa Chương 1, Câu 1 đến 18 cho thấy bản tính thực của Chúa Giêsu, là Ngôi Lời mà từ Người vạn vật được tạo thành và Ngôi Lời đã trở nên người phàm[37], Người đã đến với dân Do Thái nhưng dân Do Thái từ chối đón nhận, còn "những ai đón nhận, tức là những ai tin vào danh Người, thì Người cho họ quyền trở nên con Thiên Chúa." (1, 12)[38];
• Phần còn lại Chương 1 trình bày lời chứng của Gioan Tẩy giả về Chúa Giêsu (1, 19-34) và nhóm môn đệ đầu tiên (1, 35-51);
• Chương 2 cho chúng ta một cái nhìn hai vế về Kitô học gồm hai màn: Chúa Giêsu tỏ mình ra như là đấng Messiah bày tỏ vinh quang của Ngài ở Tiệc cưới Cana (2, 1-12) và ở Jerusalem qua việc đuổi con buôn trong Đền Thờ (2, 13-22)[32];
• Chương 3 và 4 trình bày thái độ của con người trước mạc khải của Chúa Giêsu với ba màn: Nicôđêmô, đại diện của Do Thái Giáo chính thống dù đã mở rộng ra để đón nhận Chúa Giêsu nhưng chưa có được đức tin đích thực, người phụ nữ Samari đại diện cho Do Thái Giáo "lạc đạo" nhưng đã đạt tới niềm tin vào lời của Chúa Giêsu; và viên sĩ quan, có lẽ là Dân ngoại đã tin Chúa Giêsu ngay tức khắc nhờ lời của Người[39];
• Chương 5 đến chương 12 cho thấy xung đột của Chúa Giêsu với người Do Thái chính thống. Ở chương 5 và chương 6, mỗi lần Chúa Giêsu tự mạc khải qua một dấu chỉ thì đều có tranh luận với người Do Thái. Cuộc đối đầu đó trở nên khốc liệt ở chương 7 đến 10 và có sự tố cáo giữa các bên. Việc đối đầu đó kết thúc ở hai cảnh tại chương 11 và chương 12: Chúa Giêsu làm Ladarô sống lại và cuộc vào đền thờ Jerusalem vinh hiển của Chúa Giêsu[40];
• Chương 13 đến chương 17 gồm một trình thuật (13, 1-32), ba diễn từ (13, 33 đến 14, 31; 15, 1 đến 16, 4a; 16, 4b-33) và một lời nguyện (chương 17) có hai chủ đề chính: (1) sự ra đi của Đức Giêsu; và (2) những hệ lụy nảy sinh từ sự ra đi đó.[41] Chương 13 đến 16 là diễn từ từ biệt được đặt trong khung cảnh bữa ăn cuối cùng. Đức Giêsu nói những lời từ biệt, Người mặc khải, khích lệ và dặn dò các môn đệ trước khi bước vào cuộc thương khó.[42] Trong chương 17, Đức Giêsu dâng lời nguyện lên Chúa Cha, báo cáo với Chúa Cha về sứ vụ của Ngài[40];
• Chương 18 và 19 là trình thuật về cuộc khổ nạn và phục sinh của Chúa Giêsu;
• Chương 20 trình bày các lần Chúa Giêsu hiện ra trong ngày Lễ Vượt Qua và ban Thánh Thần[43];
• Phần kết luận cho thấy mục đích của phúc âm, là "để anh em tin rằng Ðức Giêsu là Ðấng Kitô, Con Thiên Chúa, và để nhờ tin mà được sự sống nhờ danh Người."[44];
• Chương 21 tường thuật sự tỏ mình của Chúa Giêsu với các môn đệ sau khi Người phục sinh tại Galilee, việc đánh bắt 153 con cá, tiên đoán Phêrô bị đóng đinh và số phận người môn đệ Chúa yêu.[44]